1. Probíhající projekty
Hlavní projekty posledních let byly realizovány v Bulharsku, Egyptě a Uzbekistánu, perspektivním směrem bádání se nově jeví problematika Egejské oblasti v době bronzové.
Bulharsko
Prof. Bouzek vede dlouhodobý projekt archeologického výzkumu řeckého emporia Pistiros na thráckém území v dnešním Bulharsku.
Egejská oblast (zejm. Řecko a Turecko)
Doc. Pavúk se ve svých projektech dlouhodobě zaměřuje na studium keramiky a společnosti doby bronzové v dané oblasti.
Egypt
Doc. Jiří Musil realizuje spolu se studenty a externími odborníky výzkum v egyptské Západní poušti.
Uzbekistán
Výzkum materiální kultury antického období v Baktrii je předmětem zájmu česko-uzbecké expedice v jižním Uzbekistánu. Součástí projektů je výzkum lokality Džandavláttepa a mapování památek šerabádského okresu.
Česká republika
V letech 2013 – 2014 realizoval Ústav pro klasickou archeologii FF UK výzkum na lokalitě Hrdly.
2. Ukončené projekty
Historie sběratelství antických památek v českých zemích
Římskoprovinciální spony doby římské na Moravě a v Dolním Rakousku
3. Participace ústavu na dalších významných mezinárodních projektech
Mezinárodní projekty vedené Union Académique Internationale při UNESCO
Lexicon Iconographicum Mythologiae Classicae (LIMC). Vychází ve Švýcarsku (sídlo redakce je v Basileji), jde o projekt pod záštitou UNESCO. Prof. Bouzek je českým zástupcem v Mezinárodní vědecké radě projektu a v ústavu je báze českého týmu.
Thesaurus Cultus et Rituum Antiquorum (ThesCRA), redakce Basel a Malibu, podobně jako předchozí.
Corpus Vasorum Antiquorum, mezinárodní korpusová edice řeckých váz. Československý tým (sekretariát v UKAR) vydal zatím čtyři svazky, další se připravují. Dva svazky publikují sbírku ústavu (CVA Prague, Université Charles 1-2).
Mezinárodní projekty Assoziazione Internazionale di Archeologia Classica při UNESCO
Corpus Signorum Imperii Romani (korpus římského sochařství) – vyšel první svazek, druhý se připravuje.
Corpus Speculorum Etruscorum (korpus římských zrcadel) – vyšel společný svazek Hongrie – Tchécoslovaquie, připravují se dodatky.
Union Internationale des Sciences Préhistoriques et Protohistoriques (UISPP) při UNESCO
Mezinárodní komise pro jantar a pro pohřební ritus – zastoupen prof. Bouzkem - poslední konference vloni (jantar – Bělehrad, pohřební ritus – Sibiu).
Mezinárodní komitét kongresů černomořských studií – III. kongres se konal v roce 2005 v Praze (národní sekretář a člen mezinárodního výboru J. Bouzek), publikováno v časopisu EIRENE, ročníky 2006 a 2007.
Ancient West and East, mezinárodní časopis komitétu, vydávaný v nakladatelství Brill (Leiden – New York) redakční rada prof. Bouzek.
Konference o tradicích antického umění ve střední Evropě (org. Praha-Vídeň-Berlín, v rámci programu AKTION), dvě se konaly, třetí se připravuje na konec roku 2007 či začátek roku 2008. Vyšly dva sborníky (Studia Hercynia III a VIII).
Mezinárodní konference o keltské kultuře – v rámci česko-francouzského projektu Barrande a spolupráce mezi ústavem, Ecole Pratique des Hautes Etudes Historique et philologiques a Centre des Etudes Celtiques v Paříži (odp. prof. V. Kruta – prof. J. Bouzek).
Organizovány byly celkem čtyři konference, z nichž materiály tří vyšly (Studia Hercynia IV a VI, Acta Musei Nationalis Pragae, Historia 2003) a čtvrtá v tisku v Studia Hercynia XI/2007; pátá se připravuje na rok 2008. Kromě toho probíhá s EPHE společné doktorandské studium (co-tutelle).
Komise pro klasickou a římsko-provinciální archeologii České společnosti archeologické a slovenských kolegů z oboru. Pravidelná výroční setkání s referáty o nových objevech a aktivitách: 2004 a 2005 v Praze, 2006 v Brně.